Domagoj Pavičić nogometnu karijeru počeo je u Nogometnom klubu Jarun sa šest godina u najmlađim uzrastima. Nakon toga igrao je za Zagreb, te je u uzrastu mlađih pionira prešao u Dinamo gdje je ostavio dubok trag.

U sezoni 2011./2012. proglašen je najboljim igračem Prve HNL juniora i najboljim igračem Memorijalnog turnira Mladen Ramljak.

Seniorsku karijeru započeo je posudbom u Lokomotivi, da bi zatim u siječnju 2014. godine bio priključen pripremama prve ekipe Dinama.

Domagoj je prije dolaska u Rijeku u Lokomotivi i Dinamu skupio 118 utakmica postigavši 15 golova

Domagoj je u sezoni 2014./2105. ponovo bio na posudbi u Lokomotivi, te je u 21 utakmici postigao osam golova. Ujedno, postigao je pogodak protiv Rijeke u pobjedi protiv Lokomotive (2:1) 24. kolovoza 2014, te u porazu Dinama na Rujevici (2:5) 18. rujna 2016. godine.

Domagoj je prije dolaska u Rijeku u Lokomotivi i Dinamu skupio 118 utakmica postigavši 15 golova.